La investigadora de Johns Hopkins, Jean Fan, y su equipo crean herramientas de código abierto que conectan los descubrimientos académicos con los tratamientos que salvan vidas. Los recortes a la financiación federal amenazan con interrumpir este crucial proceso de investigación y desarrollo.
La ingeniera biomédica de la Universidad Johns Hopkins, Jean Fan, y su equipo desarrollan, y comparten libremente, herramientas computacionales que brindan a investigadores de todo el mundo la capacidad de descubrir medicamentos innovadores contra el cáncer, terapias génicas y pruebas diagnósticas para enfermedades neurodegenerativas. Sin embargo, los drásticos recortes federales a las becas de investigación amenazan la formación de la próxima generación de científicos que hacen posible este tipo de trabajo.
El laboratorio JEFworks de Fan , financiado íntegramente por la Fundación Nacional de Ciencias y los Institutos Nacionales de Salud, crea herramientas computacionales como software de código abierto que utiliza inteligencia artificial para analizar qué genes están activos en células específicas y determinar su ubicación exacta en muestras de tejido, creando así un retrato molecular detallado de IA para cada célula. Esta capacidad permite a los científicos comprender mejor enfermedades, desde la lesión renal aguda hasta los cánceres cerebrales, a un nivel molecular sin precedentes.Una parte importante de estas subvenciones federales financia directamente la formación de estudiantes. Ante la escasez de fondos, ya no podemos reclutar ni formar activamente a nuevos científicos.Jean FanProfesor asociado, Departamento de Ingeniería Biomédica
El impacto de este trabajo trasciende el ámbito académico. El software desarrollado en instituciones como Johns Hopkins es adoptado con frecuencia por empresas líderes para sus propios procesos de investigación y desarrollo.
«Las empresas suelen usar el software gratuito y de código abierto desarrollado en laboratorios universitarios para crear sus propios productos comerciales, lo que genera un enorme valor económico en el futuro», afirmó Fan, profesor asociado de ingeniería biomédica en la Escuela Whiting de Ingeniería y la Facultad de Medicina de la universidad. «Nuestro objetivo es que la comunidad científica en general aplique libremente nuestras herramientas a sus propias preguntas de investigación biológica, contribuyendo así a la creación de la infraestructura de la biotecnología moderna y el desarrollo farmacéutico».
Pero los recortes de la financiación federal están socavando la capacidad de investigadores como Fan para formar a los equipos que hacen posible este tipo de investigación.
«Una parte importante de estas subvenciones federales se destina directamente a la formación de estudiantes», afirmó Fan. «Con la escasez de fondos, ya no podemos reclutar ni formar activamente a nuevos científicos».
La disminución en la formación de los estudiantes está creando una «ruptura de la cadena de suministro» que hará que menos ingenieros cualificados entren en el sector de la biotecnología en los próximos años.
«Esta escasez podría ralentizar el desarrollo de nuevos tratamientos para los pacientes», dijo.
Los riesgos de esta escasez se hacen evidentes al considerar el papel que desempeñan laboratorios académicos como el de Fan en el ecosistema de la tecnología sanitaria en general. Un excelente ejemplo es STalign , uno de los varios programas de software libre desarrollados en el laboratorio de Fan. La herramienta simplifica el complejo proceso de alineación de perfiles genéticos espaciales, eliminando la necesidad de un trabajo manual tedioso. STalign ya está integrado en la plataforma LatchBio , una empresa dedicada a crear herramientas informáticas de última generación para la investigación genómica.
Además de crear nuevo software, los laboratorios universitarios también desempeñan un papel fundamental para garantizar que las nuevas tecnologías médicas sean verdaderamente eficaces, fiables y seguras antes de llegar a los pacientes. El laboratorio de Fan, por ejemplo, verifica rigurosamente las tecnologías de mapeo genético desarrolladas por empresas privadas. En un caso , su equipo probó una tecnología diseñada para crear un mapa detallado de la actividad genética en el tejido mamario, desarrollada por la empresa 10X Genomics. Al evaluar estas tecnologías, el laboratorio de Fan ayuda a garantizar la precisión de la información que proporcionan, lo que en última instancia respalda nuevos descubrimientos y terapias génicas para enfermedades como el cáncer de mama.
Esta validación independiente es fundamental porque, si bien las empresas privadas pueden crear y probar sus tecnologías utilizando sus propias herramientas de software, no están obligadas a revelar cómo lo hacen, a diferencia de la investigación académica.
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El impacto de los recortes de financiación
Sin investigación —y el apoyo federal que la hace posible— los avances científicos se ven afectados y los tratamientos que salvarían vidas en el futuro están en riesgo.
«Dado que los estudios universitarios se financian con subvenciones federales independientes, y no con fondos de las propias empresas, podemos ofrecer una supervisión imparcial, libre de presiones financieras o comerciales», afirmó Fan. «Esta colaboración entre la industria y el mundo académico fomenta un proceso científico más transparente y fiable, en beneficio, en última instancia, de los consumidores y del público en general».
La relación entre la investigación académica y la industria privada también crea un poderoso motor para el avance médico, dice Fan.
«En los laboratorios universitarios proporcionamos herramientas fundamentales y validación independiente, mientras que las empresas adaptan estas innovaciones a tratamientos que utilizan personas reales», afirmó Fan. «Juntos, estamos acelerando el ritmo de los descubrimientos».
Universidad Johns Hopkins News. C. G. Traducido al español
