Biología sin código:

MiLaboratories obtiene 10 millones de dólares para una plataforma que acelerará la investigación genómica

Los avances en la secuenciación del ADN y la enorme cantidad de datos genómicos que se producen con la tecnología de secuenciación de nueva generación (NGS) han creado una oportunidad para que las empresas emergentes creen software para biólogos que les permita analizar más fácilmente estos grandes datos y dar el siguiente paso. Esto podría resultar de utilidad en el desarrollo de nuevas vacunas, tratamientos contra el cáncer, etc.

Durante los últimos cuatro años, MiLaboratories , una startup con sede en San Francisco y un centro de investigación y desarrollo en Bilbao, España, ha estado construyendo una plataforma de biología computacional para facilitar a los biólogos el procesamiento, análisis y agregación de sus datos. Incorpora funciones como visualización de datos e inteligencia artificial generativa para mejorar la usabilidad.

Su plataforma también está diseñada para ser un mercado para otros científicos, de modo que puedan distribuir herramientas computacionales más especializadas en forma de aplicaciones para seguir expandiendo la utilidad para la comunidad de investigación genómica. MiLaboratories está dirigido a científicos cuyas habilidades abarcan la biología, la informática y las matemáticas, los llamados bioinformáticos.

“Es un enfoque de estilo ‘sin código’ para biólogos y también lanzamos un SDK (kit de desarrollo de software) [de código abierto] que permite a los bioinformáticos crear aplicaciones reales”, le dice el director ejecutivo Stan Poslavsky a TechCrunch.

“Durante mi carrera científica y la de nuestros fundadores, hemos visto una enorme ineficiencia… en el modo en que se desarrollan las terapias modernas, en el modo en que se desarrollan los medicamentos modernos”, explica. “Debido a esta fricción entre los datos (los macrodatos generados por los biólogos, los datos de secuenciación) y el análisis de datos, que no está disponible para ellos”.

Si bien hay “miles” de programas y herramientas de software que pueden realizar análisis de datos NGS, dice que la mayoría se han desarrollado en el ámbito académico, donde el enfoque tiende a estar en la utilidad más que en la usabilidad.

También es necesario que los biólogos agreguen e integren los resultados de múltiples análisis, afirma. “En una imagen unificada, se puede entender qué está pasando. Y ahí es donde nuestra plataforma ayuda enormemente”, sugiere.

La startup espera que su plataforma libere a los bioinformáticos de la tarea de lidiar con el trabajo pesado del procesamiento de datos genómicos para que estos científicos multidisciplinarios puedan aplicar sus habilidades a las tareas más complejas de construir algoritmos que puedan ayudar a avanzar en la ciencia de vanguardia.

“Los bioinformáticos pasan mucho tiempo simplemente ejecutando el software para biólogos”, dice Poslavsky. “Para procesar estos datos, es necesario tener máquinas Linux, usar SSH, ejecutar herramientas de software complicadas para realizar el análisis y obtener información de los datos”.

“[Un médico] no tiene las habilidades para hacer esto en Linux, en un clúster de computación de alto rendimiento, porque tiene otras cosas que hacer. Y eso es lo que hacen la mayoría de los bioinformáticos en las empresas y en el mundo académico, simplemente este trabajo mensual de operar las herramientas”.

El jueves, MiLaboratories presentó oficialmente su SDK, Platforma.bio , que permite a los desarrolladores externos contribuir con aplicaciones, aunque ha estado en pruebas alfa y beta durante varios años. (Poslavsky dice que «alrededor de 300 laboratorios» han estado usando la versión beta y «alrededor de 20» aplicaciones se han puesto a disposición a través de la plataforma hasta el momento).

“Las primeras aplicaciones que están disponibles en la plataforma están construidas en torno a nuestras aplicaciones biológicas y bioinformáticas, que son muy populares… [entre] las empresas y las personas involucradas en el desarrollo de terapias inmunológicas. Pero ya tenemos… una buena selección de colaboraciones y personas dispuestas a traer sus aplicaciones a la plataforma, tanto del ámbito académico como de la industria”, añade.

La startup fundada en 2021 también está anunciando una ronda de financiación Serie A de $10 millones para continuar el desarrollo, con un enfoque en invertir en la construcción de comunidades.

“La razón principal para recaudar dinero es simplemente incorporar más personas al desarrollo de nuestra plataforma. Estamos contratando más ingenieros. Estamos contratando a los llamados promotores de desarrollo, que se encargan de difundir la tecnología en la comunidad académica, principalmente, porque la mayor parte del software bioinformático se desarrolla en el ámbito académico”.

“Durante el próximo año [nos] centraremos en la propagación de la tecnología en la comunidad y en involucrar a la comunidad para que construya sus aplicaciones, adapte su software existente y las distribuya a través de la plataforma”, añade.

La Serie A de MiLaboratories está liderada por Kfund, con sede en Madrid, y cuenta con la participación de Acrobator Ventures, EGB Capital, Courtyard Ventures, Somersault Ventures, Speedinvest y Ten13.

En un comunicado, Miguel Arias, socio general de Kfund, afirmó: “Invertir en plataformas que acorten la brecha entre los desarrolladores (en este caso, bioinformáticos) y los usuarios comerciales (en este caso, biólogos) es el núcleo de lo que queremos hacer en nuestro fondo. Existe un potencial tremendo en la democratización del acceso a datos complejos que permitan la entrega de conocimientos inmunológicos”.

MiLaboratories ofrece su software de forma gratuita a los académicos, pero también obtiene ingresos a través de un modelo de pago para los usuarios comerciales. Según Poslavsky, la startup se está acercando a los 100 clientes de pago en esta etapa.

“Muchas de las grandes compañías farmacéuticas, como Moderna y Bristol-Myers Squibb, son nuestros clientes”, señala, y añade: “Tenemos ingresos, buenos ingresos, que nos permiten no depender tanto del capital de riesgo”.

A principios de 2022, la startup recaudó una ronda inicial de 2,5 millones de dólares. También había recibido previamente una pequeña financiación inicial de algunos inversores ángeles.

Al hablar sobre los desafíos de desarrollar la plataforma de biología computacional, Poslavsky dice que la asombrosa cantidad de datos generados por NGS significaba que las empresas emergentes tenían que prestar mucha atención a garantizar la eficiencia del procesamiento para evitar generar «costos disparatados».

“La cantidad de datos generados en este campo es realmente increíble”, enfatiza. “Las grandes compañías farmacéuticas, nuestros clientes… han generado petabytes de datos genéticos hasta ahora. Así que eso es una escala enorme”.

MiLaboratories ha desarrollado una tecnología que Poslavsky define como “muy sofisticada” y “matemáticamente probada” que permite realizar muchos tipos de cálculos de “manera muy optimizada”. Sugiere que esta tecnología (que ha patentado) permite que la plataforma alcance una eficiencia diez veces mayor que otros tipos de flujo de trabajo computacional.

“Es algo muy importante. Está oculto a los ojos del biólogo, porque la propuesta valiosa para el biólogo es ‘quiero hacer clic en botones y obtener información’, pero es muy importante para los dueños de negocios”.

En cuanto a la competencia, Poslavsky nombra a Seqera (y su software Nextflow) como el rival más cercano, en términos de popularidad y propuesta de valor. También existen herramientas de código abierto para el procesamiento de NGS, como Galaxy , pero MiLaboratories considera que su plataforma ofrece a los investigadores una ruta más accesible para obtener información sobre los datos. TechCrunch. N. L.